余额宝的收益计算是按天来算的，每天晚上十点统一结算一次利息。比如今天下午三点存了1000元和5000元，到晚上十点结算时，不管金额多少，都是按照当天结束后的总金额算利息。这时候两者的利息差就是本金差乘以日利率，比如日利率0.0003%，那1000元利息是0.3元，5000元利息是1.5元。但用户可能看到的是结算当天的总收益显示，比如刚存入时还没到结算时间，系统显示的收益都是0，所以看起来一样。不过实际到结算日，收益肯定不同。

比如假设日利率0.0003%，存入1000元和5000元，第二天结算时，1000元收益0.3元，5000元收益1.5元，差5倍。但用户可能是在未到结算时间时查看的收益，这时候系统还没计算利息，显示都为0。或者用户看到的是某天结算后显示的收益，比如存入当天就到账利息，但实际余额宝是T+1结算，存入第二天才计息。所以当用户同时存入不同金额时，如果结算时间相同，收益会按比例不同，但未到结算时间显示都为0，看起来一样。如果用户在不同时间存入，比如相差一天，那收益也会不同。比如今天存1000元，明天存5000元，到第三天结算时，1000元计息两天，5000元计息一天，这时候收益可能接近，但具体要看存入时间差。所以收益一样的情况只能是未到结算时间或特定时间差导致的显示误差，实际收益永远和本金成正比。