因为基因组DNA在细胞里含量多，而且结构完整，所以更容易找到目标片段。而cDNA是从mRNA做的，长度短，容易出错。比如做10个样本时，用基因组DNA有8个能成功，用cDNA只有3个能成功。

基因组DNA是细胞里的原始DNA，每个细胞有几十亿个双链DNA分子，平均每微升能提取到百万级分子。而cDNA是反转录出来的，一个细胞最多只能转录出几千个mRNA，再转成cDNA分子数就少很多。比如1微升级基因组DNA有1亿个分子，cDNA可能只有1万个。这样数量差直接导致扩增成功率低。另外基因组DNA有外显子完整，引物能精准定位，而cDNA可能因为mRNA剪接不全，或者引物设计时没避开内含子，导致扩增失败。实验数据显示，用基因组DNA扩增5kb片段成功率92%，用cDNA只有35%。所以现在做长片段还是选基因组DNA更稳当。