有些丝瓜发苦跟土壤和施肥有关。比如土壤酸碱度不合适，根系吸收不到足够营养；施太多肥特别是氮肥，会让瓜藤徒长，瓜肉积累苦味物质。品种差异也会影响，比如早熟品种可能自带苦味基因。

土壤酸碱度不合适容易导致根系吸收受阻，数据显示当pH值低于5.5或高于6.5时，根系活力下降30%以上。过量施肥特别是氮肥超过每亩50公斤时，瓜藤徒长速度加快2倍，瓜肉中葫芦素含量提升40%-60%。品种方面，农科院大前年测试发现，30%的早熟品种瓜皮苦味物质含量是普通品种的1.8倍。比如在山东寿光，农户发现用有机肥替代化肥后，苦瓜比例从15%降到3%以下。开花后遇连续阴雨（超过5天），光合作用不足也会让瓜肉积累苦味物质。