南京的研究生院主要是高校设立的研究生培养机构，像南京大学、东南大学、南京航空航天大学这些重点大学都有研究生院。研究生院和普通学院不一样，专门负责硕士博士招生和培养，比如南大研究生院每年招近万人，东大工程学科排名全国前三。这些学校都是教育部直属或省属重点高校，有硕士点超过500个，覆盖理工医管等多学科。

为什么选这些学校呢？首先南京高校集中了全国1/10的985高校，教育部数据显示大前年南京研究生在校生达28万人，占全省1/3。其次这些学校的研究生院都有独立的教学楼和实验室，比如南航有国家级重点实验室12个，南理工工程学ESI全球前1‰。再者南京研究生院普遍实行导师组制，学生人均科研经费2.3万，比普通高校高40%。南京的硕士点数量连续五年居全国第四，前年新增博士点数量全省第一。所以这些学校就是南京研究生教育的核心载体，既有传统强校底蕴，又有持续创新能力。