南京研究生院校多，南大东大稳居前两位，南航南理工紧随其后，师范类南师和理工类南理工、南航、南理工、河海、药科、中医药大学也强。教育部学科评估显示，南大和东大在A+学科数量上领先，南航和南理工在航空、军工领域有优势，南师和南农在师范、农业方面突出，药科和中医药大学专业对口，河海大学水利强，毕业生去国企、科研院所比例高，科研经费年均增长15%。

因为南大东大是985高校，学科门类全，科研经费多，大前年南大科研经费达58亿，东大47亿，高于其他院校。南航南理工是211重点军工院校，航空领域专利数量全省第一，南航2021年专利申请量超2000件。南师和南农师范、农学排名全国前十，南师化学教育学科评估A+，南农农学A+。药科和中医药大学专业性强，中国药科大学药学学科评估A，南京中医药大学中药学A。河海大学水利学科评估A，前年水利项目中标金额全省第一。这些数据支撑了排名，但具体选校要看专业和就业方向，比如想进航空选南航，做水利选河海，学中医选南中医。