佳能6D的对焦系统比较老旧，只有65个十字对焦点，覆盖面积也不够大，拍运动物体容易掉焦点，暗光环境下对焦速度慢。而佳能6D Mark II升级了双核处理器，对焦点增加到81个，覆盖面积扩大到全画幅70%，连边缘都能追焦，弱光下能到-3EV，拍夜景人像更稳当。

因为佳能6D用的是单核处理器和旧版CMOS，对焦算法不够智能，比如在暗光环境下拍人像，6D可能追不上人，而6D Mark II能稳住追焦。数据上6D的对焦峰值灵敏度是-1EV，而6D Mark II提升到-3EV，相当于在手机电筒亮度下也能精准对焦。而且6D Mark II新增了双核处理单元，处理速度比前代快3倍，拍连拍时对焦更跟手。比如在体育赛事中，6D可能因为对焦点少，拍运动员转身容易漏焦，而6D Mark II能持续追踪10个主体，连穿不同颜色衣服的选手都能区分开。不过要注意的是，虽然6D Mark II对焦更强，但它的电池续航还是比6D差一点，拍一整天外拍可能需要多带两块电池。