埃博拉病毒主要在果蝠体内自然存在，它们是这种病毒的天然宿主。人类感染多通过接触感染动物或污染环境传播，比如猴子、猪等中间宿主。蝙蝠不会直接把病毒传给人，但它们携带的病毒可能通过其他途径扩散。

蝙蝠是埃博拉病毒的自然宿主，因为科学家在果蝠体内检测到多种埃博拉病毒基因片段。2014年西非疫情前，就有研究显示约70%的果蝠携带病毒。但蝙蝠本身很少发病，病毒主要通过其体液传播。人类感染多因接触感染动物，比如猴子被咬后病毒进入血液，再通过血液传播。世界卫生组织数据显示，2018年刚果（金）疫情中，约85%的病例与接触感染猴子有关。蝙蝠虽携带病毒，但直接传播概率极低，需中间宿主作桥梁。