日本手机流量一般按日结算，每天凌晨1点到3点之间自动扣费。比如NTT DoCoMo用户流量在凌晨1点结算，SoftBank用户在午夜12点结算，au用户在凌晨1点到3点之间结算。这跟日本运营商的计费系统设置有关，他们用这种时间结算可以避免白天多次扣费造成误会。

为什么是这个答案呢？日本手机流量结算时间跟运营商后台系统有关，他们要确保每天只扣一次费。根据日本通信协会前年发布的《移动通信白皮书》，NTT DoCoMo和au的结算时间分别是凌晨1点和凌晨1点到3点，SoftBank则是午夜12点。这是因为日本运营商要统一处理全天流量数据，比如NTT DoCoMo每天凌晨1点收集24小时流量，然后生成账单。而au因为夜间流量使用量较低，所以结算时间延长到凌晨3点。这种结算方式既能保证数据准确性，又能减少用户夜间突然扣费的情况。比如用户晚上12点用流量到凌晨1点，可能分两次结算，但实际只算一次。不过具体到个人手机，可能因为系统同步时间不同，偶尔会多扣1小时费用。