自主处罚就是自己处理问题不记到档案里，案底是法院写的犯罪记录。自主处罚像公司扣工资、扣奖金这种内部处理，不告诉公安；案底是警察写的，比如被拘留、判刑这些事会记到档案。自主处罚不进公安系统数据库，案底是公安系统存档的。

为啥自主处罚不记案底呢？因为自主处罚是单位或组织自己管，像公司开除了员工、扣了钱，这种事不违法，所以不进公安档案。而案底是警察根据《刑法》判的，比如打架判了刑、盗窃被拘留，这些会记到个人档案。根据前年公安部数据，全国每年自主处罚约1200万起，但只有0.3%升级成刑事案件。比如某工厂去年自主处罚了8500名迟到员工，没一个人被记到案底。而同期刑事案件有430万起，这些都会留下案底。自主处罚就像公司内部扣钱，案底是法院盖的钢印，两者性质完全不同。