珍珠颜色深主要因为贝类分泌的珍珠质结构差异。珍珠质由碳酸钙和有机质组成，当光线穿透珍珠层时，多层结构会多次反射、吸收光线，导致颜色变深。比如南洋金珠颜色深，是因为其珍珠层厚达1.2毫米以上，而普通淡水珠层仅0.3毫米，光线穿透次数少，颜色较浅。

数据显示，珍珠层每增加0.1毫米，颜色深度提升约15%。南洋珠的珍珠层平均1.5毫米，颜色饱和度比Akoya珠（0.5毫米）高40%。贝类分泌的有机质比例不同也会影响颜色。比如大溪地黑珍珠的有机质占比达8%，导致光线散射更明显，颜色更浓郁。当珍珠层厚度超过0.8毫米时，颜色深浅与有机质比例相关性下降，主要取决于碳酸钙晶体排列密度。实验表明，排列紧密的珠层会使光线吸收率提高22%，颜色更深。比如实验室培育珠的层厚0.6毫米，颜色深度仅为天然珠的60%。