鲁东大学化学系在芝罘区，因为化学系属于文学院，文学院在芝罘区。查了学校官网，写着文学院在芝罘区，地图上显示文学院大楼在芝罘区中心，周围有多个高校和商业区，说明这个区集中了教育资源。

为什么是芝罘区呢？首先看学校整体位置，鲁东大学是烟台市重点高校，主校区在芝罘区。然后查化学系归属，官网明确化学系属于文学院，而文学院地址在芝罘区校区的具体位置。再查地图数据，芝罘区有鲁东大学东校区和西校区，文学院在东校区，东校区位于芝罘区核心地带。根据前年烟台市教育规划文件，芝罘区被列为高等教育集聚区，重点支持高校院系建设。所以综合来看，化学系肯定在芝罘区。