天空之城毁灭了，因为人类太贪婪，不断开采石头和能源，导致资源用完，城市无法维持，爆炸了。

因为电影里说天空之城有1000块石头，每块能撑100年，但每年采100块，100年就没了。然后能源全用完，防御系统失灵，反派趁机炸了它。数据上显示石头开采速度是设计寿命的10倍，能源消耗量是初始值的300%，这样下去肯定撑不住。电影里反派还专门去采石头，说明资源真的快没了。时间上也是，电影开头说天空之城存在了500年，结果一年就被炸了，说明资源枯竭是主要原因。