佐助被灭族是佩恩提前两年动手，他父亲波风水门被带进神无毗桥，族人全被灭口。佐助叛变是因为被大蛇丸骗了，大蛇丸说能让他变强，结果他发现是假情报，还害得小樱受伤。他带着卷轴逃走时，鸣人他们追了三天三夜都没追上。

佩恩入侵木叶提前了两年，波风水门刚完成忍术研究就被抓走。当时木叶高层讨论要灭族，卡卡西没拦住，佩恩用写轮眼控制了所有族人。佐助叛逃时带着卷轴，大蛇丸给的情报是假的，导致他杀小樱时被鸣人挡下。他逃到妙木山才明白被骗，但已经来不及回头了。佩恩那件事让佐助觉得木叶不可信，加上大蛇丸的谎言，他彻底决定离开村子。鸣人他们追了三天三夜，佐助故意绕路去了白眼村，结果被阿飞抓去当人质。佩恩提前动手是关键，大蛇丸的骗局是，鸣人追击时佐助已经彻底黑化。