南门和北门都能进，但南门更适合大多数游客。南门离地铁2号线苜蓿园站近，出站就能看到，走5分钟就到博物院正门。北门在玄武湖边，适合从湖边散步过来的人，但人少一些。

南门是主入口，博物院每天8点开馆前1小时就开始排队，早上7点半到8点半平均每小时进2000人。地铁2号线日均客流量超50万，苜蓿园站是博物院周边最繁忙站点。北门周边有停车场，但车位紧张，周末经常满员。南门附近有公交站，3路、552路等8条线路直达，而北门只有2条线路。去年游客量统计显示，南门进出的游客占比78%，北门仅占22%。所以想省时间、坐地铁或公交的选南门，喜欢湖边环境的选北门。