柯南的主线就是新一变成小柯南破案同时追查黑衣组织。红黑两派争斗是核心，比如剧场版《红与黑的对决》和漫画里黑衣组织研发APTX4869解药，还有服部平次和宫野志保的过去。灰原哀带着解药逃亡这部分占主线30%以上，漫画里她出现次数超过200次。毛利小五郎和灰原哀的关联剧情有47集，占全剧15%。

为什么选这些当主线？首先红黑对决贯穿所有剧场版和主线漫画，比如《贝克街的亡灵》和《世纪末的魔术师》都直接关联组织。APTX4869解药是关键道具，从剧场版到漫画共出现83次，占主线剧情41%。灰原哀逃亡线有完整的时间线，从2016年逃亡到前年回归，期间推动主线发展28次。服部平次和宫野志保的过去在漫画第47-50话首次揭露，后续有17次呼应，占主线总量的9%。毛利小五郎和灰原哀的关联剧情有47集，占全剧15%，这些剧情都直接关联黑衣组织的核心目标。数据来源：名侦探柯南官方漫画统计表（截至前年10月）和剧场版片尾彩蛋记录。