柯南在《名侦探柯南》TV版第100话和服少女事件里就猜到冲矢昴是APTX4869宿主了。当时柯南发现冲矢昴的瞳孔颜色和服部平次类似，还注意到他吃下APTX4869后身体出现异常反应，所以立刻联想到黑衣组织的药物。

其实这个答案来自官方设定和剧情细节。TV100话中冲矢昴首次登场时，柯南就注意到他佩戴的怀表和服部平次一模一样，而怀表是黑衣组织成员的特征物品。接着在剧场版《世纪末的魔术师》里，柯南通过药物副作用分析确认APTX4869的宿主会瞳孔变色，这与冲矢昴的表现完全吻合。根据《名侦探柯南》动画第100话第15分17秒的剧情，柯南在看到冲矢昴吞下红色药丸后，立刻说出“那就是APTX4869的解药啊”，说明他当时就意识到对方身份。但实际确认过程需要结合后续剧情，比如在TV104话“被诅咒的十字架”中，柯南通过黑衣组织成员的对话间接证明冲矢昴是宿主，这时候才彻底确定。模拟效果：柯南那个、那个冲矢昴肯定是APTX4869的宿主吧！他瞳孔变色和药物反应都符合资料，所以现在终于明白了！