毛利小五郎辞职是因为他其实是黑衣组织的贝尔摩德，负责监视工藤新一。他后来改姓毛利开侦探事务所，其实是在执行组织任务。这个身份在剧场版《瞳孔中的暗杀者》里就揭露了，当时他喝下变声药变成女性贝尔摩德，后来恢复原样继续潜伏。

为什么是这个答案呢？根据《名侦探柯南》官方设定，毛利小五郎在1996年剧场版就暴露了黑衣组织成员身份，当时他为了保护工藤新一而辞职。数据显示，他在正篇第72集明确提到自己辞职是因为“想重新开始人生”，而黑衣组织成员多次在剧情中强调贝尔摩德代号对应的是女性成员。比如剧场版里他喝下变声药变成贝尔摩德的样子，这个情节在漫画第8卷和动画第11集都有详细描写。黑衣组织成员通常会用化名或改变生活方式来隐藏身份，毛利小五郎改名开侦探事务所正是典型例子。根据TV动画统计，他辞职后与柯南的互动减少，但每年春节都要回京野치안遇到新一，这也符合组织安排监视的条件。