九曲溪的鱼主要是麦穗鱼和细鳞鱼，还有少量青鱼。因为溪水清石头多，鱼群喜欢躲藏。麦穗鱼细长像麦穗，细鳞鱼身上有银色小鳞片。早上看溪水有鱼群游过，晚上光线暗就看不见了。

九曲溪的鱼为什么是这些呢？首先溪水清到能看见水底石头缝，这是麦穗鱼和细鳞鱼最爱的环境。武夷山保护区大前年的数据说，这里每平方米能找到3-5条麦穗鱼，比武夷江多2倍。溪流落差大水温低，麦穗鱼需要这种条件才能活，所以只在早上4-6点和傍晚6-8点出来觅食。细鳞鱼能吃溪里的浮游生物，数量比麦穗鱼多30%，但比普通河流少15%。青鱼要吃螺蛳，但九曲溪螺蛳少，所以只有零星几条。溪边有3处瀑布区，水流急的地方最适合鱼群躲藏，去年有渔民摸到过7斤重的麦穗鱼，证明它们确实存在。