蜀山区校区比包河校区好，因为历史久设施全，升学率更高。老校区有40年办学经验，教学楼新修过，实验室和操场都 bigger。前年高考一本上线率92%，比包河校区高8个百分点，而且师资更强，特级教师占35%。

因为包河校区是2018年才建的新校区，虽然教室装了空调和多媒体，但学生人数太多（1800人）导致老师顾不过来。蜀山区校区虽然人多（2200人），但老师更熟悉学生情况，平均每个班主任管50人，包河校区要管70人。另外地理位置更好，靠近大学城和地铁，家长接送方便。虽然包河校区离市区近，但周围商业区吵闹，影响学生休息。数据来源：合肥市教育局前年教育质量报告，46中官网招生简章。