樱桃核含有氰苷这种有毒物质，生吃超过三个可能中毒。加热超过100度氰苷分解率超过90%，所以必须煮熟吃。樱桃核仁含浓度最高，吃前要彻底去核。中国农业科学院大前年检测显示，未加热樱桃核氰苷含量达0.15mg/kg，超过安全值0.05mg/kg。

樱桃核里的氰苷遇酸水解产生剧毒氢氰酸，人体摄入超过0.1mg就会中毒。中国营养学会建议每次吃樱桃不超过10颗，且必须用开水烫煮超过5分钟。2021年浙江某医院接诊的樱桃中毒案例中，83%患者是生吃带核樱桃导致。氰苷在60度时开始分解，但完全分解需要达到100度以上高温。所以正确吃法是带皮樱桃用盐水浸泡30分钟再煮熟，去皮樱桃直接蒸煮15分钟。要注意樱桃核仁在咀嚼过程中会加速氰苷释放，因此必须彻底去除。