冷冻保存能延长榴莲保质期，但口感会变差，果肉变硬，果肉和果壳分离。冷冻前要选成熟度高的榴莲，果肉呈金黄色且软糯的最好。冷冻后吃前要解冻，但果肉纤维会变粗，甜味减少，果壳容易发霉。

冷冻会让榴莲内部水分结冰，破坏果肉细胞结构。中国热带农业科学院检测显示，冷冻30天后糖分流失约15%，水分减少20%，果肉纤维增加30%。冷冻时若未密封，氧气会让果肉氧化变色。解冻后建议用微波炉中火加热1分钟，果肉会恢复软糯。冷冻榴莲适合做甜品原料，但直接食用口感大打折扣。