初版有多个结局DLC也有几个总共五个。玩家选择影响结局走向，比如杀气重会变坏结局，心软能解锁好结局。DLC新增剧情分支让隐藏结局变多，比如《延伸篇》加两个特殊结局。

因为胧村正初版主线分普通结局（杀气值高触发）、隐藏结局（杀气值中）和特殊结局（杀气值低），共三个分支。DLC《延伸篇》新增两个结局：一个让天草四郎当主角，另一个让胧村正和岛原屋代结婚。根据游戏内统计，杀气值每降10%解锁新结局，DLC新增触发条件让总结局数变成五个。比如杀气值0%解锁隐藏结局，-10%解锁特殊结局，DLC再追加-20%和-30%两个结局。玩家选择会改变角色关系和结局画面，比如杀气值高结局里岛原屋代被杀，低杀气值里她存活。