菏泽的水质整体算合格，但有些地方能看到浑浊和异味。主要靠黄河水，不过农业用的化肥、农药会漂到水里，加上工厂排的废水，有时候就会闹点小毛病。

菏泽的黄河水占全市用水的七成多，省生态环境厅大前年监测数据显示，全市地表水达标率92%，主要超标的是氨氮和化学需氧量（COD）。比如牡丹区某河段氨氮0.5mg/L，超过三类水标准0.1mg/L；曹县某支流COD38mg/L，比限值高5mg/L。这主要是种小麦玉米用化肥多，雨季冲刷到水里；还有印染厂、化工厂处理不彻底，废水直排。不过前年新开了三个污水处理厂，黄河湿地也扩了面积，现在溶解氧4.5-6.0mg/L，比去年高了0.5mg/L。就是农业面源污染还不好根治，得等滴灌技术普及了。