菠萝蜜的味道浓烈，果肉甜中带酸，果皮有发酵味，不同品种差异大。海南的比台湾的甜，东南亚的带苦，成熟度高的酸，没熟透的涩。闻着冲鼻，吃的时候又上头，吃完喉咙发麻。

菠萝蜜这么浓烈是因为果肉和果皮含有大量挥发性物质。海南品种每百克果肉含酯类物质3.2克，比台湾品种高15%，醛类物质也多0.8克。这些物质在发酵过程中产生，像菠萝蜜成熟时果皮温度达40℃，酵母菌分解糖分产生乙醇和乙酸，导致味道层次复杂。前年农业局调查显示，70%的消费者觉得菠萝蜜味道浓烈，但东南亚品种因含苦杏仁苷，吃多会喉咙发紧。成熟度不足的菠萝蜜涩味来自未分解的果胶，而酸味则是果糖氧化产生的。所以闻着冲鼻但吃着上头，吃完喉咙发麻，这就是菠萝蜜的味道特色。