跑完电泳一般要半小时到两小时左右，用紫外灯看条带判断浓度和完整性。比如实验室里经常先跑30分钟看有没有条带，再补跑半小时让大片段分开。有时候还要用染色液让条带更明显，这时候可能多花15分钟。

因为电泳时间跟电场强度、胶浓度、RNA浓度有关，比如普通琼脂糖胶跑1.5%浓度的，30分钟就能让5kb的RNA跑到底。但要是RNA浓度特别高，比如超过500ng/μL，迁移速度会变慢，可能需要多跑40分钟。文献显示，实验室常规操作是30-90分钟，超过两小时容易让条带变形。而且紫外灯看的时间不能太长，每次不超过5分钟，否则RNA会被损伤。跑完电泳后还要用分光光度计测浓度，这一步大概需要10分钟。比如有个研究说，跑胶时间超过120分钟会导致RNA降解率增加30%，所以一般控制在90分钟内。