南瓜灯不能风干保存，保存时间短，一般只能放一周到一个月。如果放太久会发霉，潮湿环境下容易长毛毛虫。保存时最好用报纸包好，放在阴凉干燥处。

因为南瓜灯是活体植物做的，里面的果肉会慢慢腐烂。农业研究显示，南瓜果肉在湿度超过70%的环境中，三天内就会开始霉变，霉斑面积每小时扩大两倍。风干过程会让果肉表面形成干燥壳，但内部细胞仍在死亡，就像剥了壳的鸡蛋放两天就会变质。保存超过一个月的南瓜灯，霉变概率达到95%以上，连灯罩都会被腐蚀。实验数据表明，干燥环境（湿度30%-50%）下保存的南瓜灯，最多能坚持28天不坏，而潮湿环境（湿度80%以上）下，三天就会出现明显霉斑。