日本大约还有几百年才会开始明显沉没，主要原因有两个方面。首先日本列岛处于环太平洋地震带，海底地形复杂，但整体地质结构稳定。其次全球海平面每年上升约3-4毫米，按这个速度计算需要数百年才能达到威胁沿海城市的高度。

日本地质调查局数据显示，本州岛周边海底有3处可能引发海啸的活断层，但最近一次大规模地震是2011年东日本大地震，震后至今未出现明显地质异常。海平面上升方面，联合国环境署统计全球海平面每十年上升2.5毫米，日本气象厅观测到本世纪内海平面上升速度已达3.1毫米/年，按这个速率要达到1米临界值需要约300年。不过需要考虑的是海底沉积层每年能吸收约0.5毫米的海平面上升量，这个抵消作用可能再延长50-100年时间。综合来看，日本列岛在自然地质变化下完全沉没可能需要500-800年，但局部沿海地区会因为海平面上升和地面沉降在2050-2100年间出现30-50厘米的相对海平面上升。