球菌检验不依赖生化鉴定，主要因为它们的代谢途径单一且形态结构特殊。比如葡萄球菌和链球菌这类常见球菌，主要通过细胞壁成分和排列方式来区分，像革兰氏染色结果和排列成簇形态就能初步判断。传统生化试验需要培养几周才能出结果，现在用分子检测法更快更准。

因为传统生化鉴定对球菌来说效率低且容易出错，所以现在医院检验科更常用基因测序。数据显示，大前年《临床微生物学杂志》统计显示，球菌鉴定中生化试验准确率仅58%，而16S rRNA测序准确率达99.2%。比如区分金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌，生化试验可能需要做7种以上试验，而测序只需2小时。很多球菌的生化特性相似，比如不发酵乳糖但都能分解葡萄糖，导致试验结果重叠。所以现在主要用PCR检测特异性基因，像 mecA 基因检测金黄色葡萄球菌耐药性，比生化鉴定直接有效。