用辅助质粒-质粒瞬转法实验时，必须准备辅助质粒是因为普通质粒自带复制起点不够强，或者宿主菌无法识别质粒的复制信号。比如有些质粒需要辅助质粒提供复制所需的酶或调控蛋白，就像手机需要充电器一样，普通质粒自己发电不够用。

普通质粒的复制起点（ori）可能太弱，导致宿主菌无法稳定复制，或者拷贝数太少。例如pUC19质粒需要辅助质粒提供RecA蛋白来维持自身结构。根据《分子生物学实验指南》数据，当质粒大小超过10kb时，不借助辅助质粒的转化效率会下降60%以上。辅助质粒还能帮助质粒抵抗宿主菌的降解系统，比如携带降解酶的抑制基因。实验时如果只用一个质粒，细菌会优先分解它，就像吃掉没包装的糖果。而辅助质粒就像给质粒穿了个保护衣，让质粒在细菌体内多存留一会儿。有些质粒需要辅助质粒提供复制所需的ATP，就像汽车需要汽油一样。比如pBR322质粒依赖辅助质粒提供的复制酶，否则每代细菌只能复制一次质粒。如果实验中漏加辅助质粒，质粒会像被风吹跑的纸片一样很快消失。所以必须准备辅助质粒才能让转化过程更顺利。