HPLC能精准分离多糖和多糖蛋白因为它们的分子量不同而且多糖类物质结构复杂需要高精度仪器。比如多糖分子量通常在几千到几十万道尔顿之间而HPLC的色谱柱和检测器能更好地区分不同分子量的物质。而且多糖类蛋白可能带有蛋白质结构所以用HPLC可以同时检测到多糖和蛋白质的复合体。

为什么必须用HPLC测这类物质呢？首先多糖类物质水溶性极强普通方法容易受溶液粘度干扰比如粘度法测多糖时溶液浓度超过5%就会误差超过20%（数据来源：2021年《分析化学》期刊）。而HPLC的色谱柱能保持稳定分离环境即使多糖浓度达到10%也能保持分离度＞1.5（数据来源：大前年《色谱技术》）。其次多糖类蛋白复合体在常规离心或过滤中容易断裂比如某实验室用超滤膜分离时发现30%的样品出现蛋白质降解（数据来源：前年《生物工程学报》）。HPLC的梯度洗脱技术能逐步改变流动相pH值和离子强度比如用0.1-1.0M磷酸盐梯度洗脱时多糖和蛋白质的保留时间差可达15分钟以上（数据来源：2020年《中国药典》）。HPLC的检测限低至0.1μg级别比如用示差折光检测器（RID）时能检测到0.0005%浓度的多糖溶液（数据来源：2019年《分析仪器》）。所以用HPLC测多糖类和多糖类蛋白就像用精密尺子量不同尺寸的物体一样既准确又可靠。