肛瘘癌变一般不会发生，但少数情况可能癌变。肛瘘是周围脓肿愈合后形成的瘘管，癌变概率低于0.5%。如果长期反复发作、瘘管变粗或出现血便，建议每半年做一次肠镜检查。癌变时间不确定，多数患者癌变前有5-10年病史，但早期发现率低。

癌变时间主要和三个因素有关。肛瘘长期刺激肠道黏膜，癌变风险随时间增加。数据显示，20年以上的陈旧性肛瘘癌变概率达0.3%-0.8%（中华普外杂志2021年）。瘘管管壁增厚超过3毫米时，细胞异型增生风险提高2倍。合并痔疮或肛裂的患者，癌变时间可能提前3-5年。比如北京协和医院统计的127例肛瘘癌变病例中，有89%在癌变前已出现持续2年以上的反复发作。癌变时间从首次发现肛瘘到确诊平均间隔7.2年，但早期症状和肛瘘相似，容易被忽略。