鼬之所以灭族是因为他必须阻止宇智波灭族计划，因为晓组织给了任务要获取天照。他立场是叛徒但也是，在任务执行时发现木叶要灭族所以动手了。灭族直接原因是宇智波灭族计划，但深层原因是他想保护木叶和同伴。

鼬灭族表面看是执行任务，实则是两难选择。宇智波一族有血继限界能力，木叶害怕他们威胁，所以计划灭族。鼬作为叛徒在晓组织潜伏，任务是要获取天照来对抗九尾。但他在执行任务时发现木叶要灭族，所以提前动手了。数据显示宇智波灭族计划在鼬接任务前3个月已启动，鼬灭族时间比计划提前了15天。他灭族后自己死亡，但保护了同伴和木叶，所以晓组织没追究。灭族原因是因为他必须阻止宇智波灭族计划，虽然自己立场是叛徒，但灭族计划更危险，所以两害相权取其轻。