二代测序分三步走。第一步样本处理，取少量血液或组织，提取里面的DNA，然后加一些化学物质，让DNA变短变圆，这样机器才能快速测序。第二步跑机器，把DNA装进测序仪，机器边跑边读，每跑一圈就生成一串数字，代表DNA碱基对。第三步看结果，用软件把数字翻译成A、T、C、G，再对比正常基因，找出哪里突变了。

为啥要这么干呢？因为二代测序成本低，现在单个样本测序价不到五千块，比十年前降了九成。比如Illumina NovaSeq测序仪，每跑一遍能测三十亿碱基，成本只要三百美元每GB。跑完数据量太大，得用软件分出有效读长，比如平均读长150bp的样本，能筛出三千个突变位点。文库构建那步关键，如果DNA没处理均匀，机器会漏测或测错，就像煮面不搅容易粘锅。数据翻译时还要排除污染，比如机器跑出来的乱码超过5%就要重做。对比参考基因，像找地图一样定位突变位置，比如EGFR突变在21号外显子，就能知道是肺癌该不该用特罗凯药。