宇智波鼬杀自家全族是因为木叶村下达了灭族令要灭光宇智波一族。鼬提前动手把族人全灭光，主要是为了保护族人不受木叶伤害。鼬知道血继限界会招来杀身之祸，所以提前灭族让族人死得安心。

宇智波鼬杀全族是因为木叶村高层害怕宇智波一族的血继限界。原著第489话提到宇智波灭族事件发生在鼬18岁，当时木叶村村长波风水门和卡卡西都参与了这个计划。鼬提前灭族主要有三个原因：第一，宇智波一族有写轮眼能看穿万花筒写轮眼；第二，鼬自己就是宇智波族人，知道族人会被灭；第三，鼬在木叶村潜伏了五年，发现木叶确实要灭光族人。鼬灭族后带着小樱离开木叶，但还是被木叶派去灭族，说明灭族令是木叶村官方行为。鼬灭族时全族只剩他和小樱，所以鼬要灭掉木叶村，形成互相报复的循环。灭族令和宇智波灭族事件是火影忍者的核心矛盾之一，宇智波一族被灭光后，鼬和佐助的复仇线才真正展开。