蘑菇头要留2到3厘米的根茎部分，太短容易烂掉，太长会消耗营养影响长新菇。一般刚摘完的菌棒要马上处理，留根茎后放在阴凉通风处晾干，等根茎发白再种新菌种。种下去后大概10天左右就能看到新蘑菇冒出来。

为什么留2到3厘米根茎最合适？首先根茎是连接菌丝和土壤的关键部位，太短的话菌丝容易断裂，像小拇指粗的菌棒留2厘米，湿度高的话3天内就会发霉。实验数据显示，留根茎长度超过5厘米的菌棒，新菇产量比留2厘米的少30%，因为多余根茎会消耗土壤里的养分。比如平菇留3厘米的根茎，在温度15-25度、湿度70%以上的环境下，新菇生长速度比留1厘米的快2天。不过香菇这类菌种因为菌丝较粗，可以适当多留1厘米根茎，但最多不超过4厘米。种菇师傅老王说：“根茎留得像筷子头那么粗刚好，太短像鸡爪容易烂，太长像树桩难发芽。”