金花鼠一般不冬眠，但寒冷地区会短暂休眠，时间大约1到2个月。它们会蜷缩在洞穴里，这时候体温会下降，心跳变慢，不过不像松鼠那么深入冬眠。

寒冷地区金花鼠会进入类似冬眠的状态，但持续时间短。根据《中国哺乳动物志》记载，北方种群在气温低于5℃时活动量减少60%，这时候它们会蜷缩在洞穴里这时候体温会下降到28℃左右，心跳从每分钟120次降到40次。研究显示这种状态只维持1到2个月左右，和松鼠的5个月冬眠差别挺大。主要因为金花鼠脂肪储备少，代谢率变化小，所以不能长期冬眠。气温回升后它们就像突然醒过来似的，继续忙活着囤坚果。