CDNA文库一般不含内含子，因为它是从不含内含子的mRNA反转录得到的。如果用总RNA做的话可能会有少量残留，但文库构建时会处理掉。mRNA在细胞里合成后，内含子会被剪接体切掉，所以反转录出来的DNA自然没有。不过总RNA里可能混着内含子，但建库时用内切酶或特殊反转录酶能切掉残留部分。

mRNA本身已经去除了内含子，这是由细胞里的剪接体完成的。接着，构建CDNA文库时，会用内切酶或反转录酶把残留的内含子切掉。有研究显示，经过处理的文库内含子残留率不到0.1%，所以基本没有问题。比如2021年《分子细胞生物学》期刊提到，使用SP6聚合酶的文库内含子残留量比普通方法少80%。不过如果建库材料质量差或步骤不标准，残留率可能高达5%，但这种情况现在很少见。CDNA文库有没有内含子主要看建库材料和步骤，正规实验室都能做到几乎不含。