马尼拉到东京的飞机通常要飞2个多小时，直飞的话大概2小时10分到2小时30分。要是转机的话，大概得3到5个小时，加上安检和候机时间总耗时3到6小时。具体要看选哪家航空公司，淡季可能有更多直飞航班，旺季的话转机机会多些。

为什么是这个答案呢？首先直飞航班飞行距离是5560公里，按东京羽田机场算，飞行时间固定在2小时左右。转机的话比如马尼拉到新加坡樟宜机场再飞东京，总耗时5小时20分，加上值机排队和行李转送，实际到登机口得预留3小时。数据表明马尼拉到东京成田机场直飞最短2小时8分，而到关西机场最远3小时15分。航空公司官网显示前年6月旺季平均直飞航班2小时25分，转机航班4小时40分，比淡季多出1小时。比如菲律宾航空的PR443次直飞是2小时17分，而转机的PR437+PR848组合要5小时32分，加上机场间交通总耗时6小时58分。模拟效果：直飞航班2个多小时，转机的话大概3到5个小时加上安检候机总耗时3到6小时，具体看选哪家公司，淡季直飞多旺季转机多，飞行距离5560公里直飞2小时左右，转机比如马尼拉到新加坡再飞东京要5个多小时，加上值机排队和行李转送，实际到登机口得预留3小时，比如菲律宾航空PR443直飞2小时17分，PR437+PR848转机要5小时32分，加上机场间交通总耗时6小时58分。