凝胶电泳一般要跑1到3小时浓缩胶跑1小时左右分离胶2到3小时浓缩胶和分离胶一起跑的话总共3到4小时。具体时间看凝胶厚度样品量还有电压设置。比如1.5毫米厚的凝胶用120伏电压跑1小时就够浓缩胶，3毫米的分离胶用100伏电压得跑2小时。跑的时间太短蛋白质跑不整齐太长条带会变模糊。

为什么是这个答案呢浓缩胶和分离胶的材料不同所以时间不一样。根据《分子生物学实验指南》数据，琼脂糖凝胶的浓度越高电泳越慢，0.8%琼脂糖跑浓缩胶1小时，1.5%分离胶2小时。电压每升高10伏时间就少半小时。比如用150伏跑0.8%凝胶40分钟就能和用100伏跑1小时效果差不多。但样品量多了要等它流到凝胶中间再通电，这又得多等15到30分钟。还有温度影响大夏天电泳箱温度高可能得延长20%时间。所以综合考虑一般得3到4小时才能跑出清晰条带。