和不一致主要有两件事儿。第一是1959年逃到印度后，留在国内继续管理寺庙，两人都自称是藏传佛教领袖。第二是1959年宣布自己不转世了，说按新政策不再找转世灵童，那边也没表态支持这个决定。

1959年流亡印度后，国内实行了民主改革，作为西藏宗教领袖保留了一部分地位。但在印度组建了藏传佛教中心，和的寺庙管理产生矛盾。1959年3月10日西藏发生叛乱，借机离开拉萨，而当时在日喀则，没跟着走。后来1959年9月宣布停止转世，说这样能避免宗教权力斗争，但那边没同意这个说法。数据显示，1959年西藏寺庙数量从1950年的2000多所减少到1978年的300多所，说明双方在宗教管理上存在根本分歧。比如的甘丹寺在印度有重建，而的哲蚌寺在1959年后停止了法会活动。这种分家就像两个人开分店，一个在印度搞新经营，一个在国内守老规矩，自然就吵起来了。