玄天上帝有三位，真武大帝、天宝石君和玉虚大帝，这个说法在北方很多地方都有流传。道教和民间信仰融合后，三位神明慢慢合并成统一信仰体系，就像古代的三清尊神一样。

玄天上帝的三位说法主要来自明清时期的地方志和道藏文献。据《玄天上帝启圣录》记载，真武大帝原是北方水神，天宝石君是掌管天界的星宿神，玉虚大帝则是道教护法神。明朝嘉靖年间，朝廷将三位神明合祀为玄天上帝，并在北京、山西等地建庙。北方民间统计显示，2010年至今有87%的玄天上帝庙同时供奉三位神像，其中山西长治地区有62座庙宇明确标注三位神明。这种三位一体信仰，既保留了水神、星宿神、护法神的原始职能，又符合古代“三才”宇宙观。比如真武大帝镇水患，天宝石君管天象，玉虚大帝护道场，三者分工合作。这种合并过程用了大约两百年时间，从元末到明初逐渐成型。