佛教传入新疆得靠中原、中亚、西域三个方向。中原王朝早期忙于统一，新疆又远又苦，佛教只能零星传播。后来高昌国把佛教当国教，公元5到8世纪佛寺最多，但中原儒家思想越来越强，佛教慢慢被边缘化。

因为新疆地处中亚东端，两边都是戈壁和雪山，中原王朝派兵去时总得绕道，商队走丝绸之路又常被劫。玄奘在《大唐西域记》里说新疆当时有几十个佛寺，但中原王朝更重视儒家思想，公元612年高昌王还主动改信教。公元7世纪唐朝在新疆设安西都护府，佛教鼎盛期其实只有不到百年。现代学者统计，公元5-8世纪新疆出土的佛教文物占全国总量80%，但公元9世纪后突然减少，说明鼎盛期很短暂。比如吐鲁番阿斯塔那墓群出土的唐代佛经残卷有300多件，但同期中原出土的佛经超过2万件，比例差距说明传播受限。戈壁风沙和游牧民族迁徙频繁也是关键，比如回鹘人后来改信摩尼教，直接断了佛教传承。