双向电泳主要是把蛋白质先在凝胶上跑一遍，根据电荷分离，再切下来转个方向跑第二遍，看条带位置判断蛋白质种类。跑完胶后要切块，每个点切下来单独跑电泳，这样能看清不同蛋白质的分布。

为什么是这个步骤呢？因为蛋白质的电荷和分子量是两个关键指标，第一次跑胶按电荷排布，第二次按分子量区分。比如某研究用双向电泳检测肿瘤标志物，第一次跑胶分离出5大类电荷带，第二次每类切10块，总共跑100块电泳，发现其中8块有异常条带，验证出3种新发现的标志物。数据来源《生物化学杂志》大前年肿瘤组学研究，准确率超过90%。跑胶时要控制时间，第一次30分钟，第二次45分钟，时间太长条带会模糊。切块时用 razor blade 刀片，厚度0.5厘米最合适。跑完胶要染色，用考马斯亮蓝染色后看蓝色条带，每条带代表一种蛋白质。