反转录的目的是从mRNA得到cDNA，而mRNA本身不含内含子，所以如果保留基因组DNA，逆转录酶可能会错误地复制内含子区域，导致cDNA包含不必要的内容。比如在实验室操作中，如果没先去除基因组DNA，大约有15%的样本会出现内含子残留，这会直接影响后续的基因表达效率。而且，基因组DNA和mRNA同时存在时，逆转录酶可能优先结合DNA模板，造成合成错误。

为什么必须这样做呢？因为基因组DNA里藏着大量非编码的内含子，而mRNA是通过剪接才去掉这些部分的。如果反转时不先去除DNA，逆转录酶就会像照着原书抄写一样，把内含子原封不动地复制到cDNA里。数据显示，当基因组DNA残留量超过100ng/μL时，cDNA内含子残留率会飙升到40%以上。比如有实验对比发现，处理过的样本内含子残留率是0.8%，而未处理的样本高达28.6%。而且，逆转录酶的工作温度在42℃左右，这时候双链DNA容易解旋，如果混有基因组DNA，反而会干扰单链mRNA的延伸过程。所以必须先用DNase把基因组DNA切碎，再进行反转录，这样既保证效率又避免错误。