六道木佛珠一般念六道金刚咒"嗡达咧雅他嗡班扎格热班扎格热嗡"和六道轮回咒"嗡阿惹布达咧雅他嗡"两种心咒。念珠每颗代表消除一道轮回业障，108颗能净除全部六道轮回业力。长期持咒者能增长智慧，消除贪嗔痴，往生善道。

六道木佛珠的心咒组合源于藏传佛教《六道轮回经》，该经记载六道轮回咒由印度高僧阿底峡创立，六道金刚咒是宗喀巴大师补充的。据《大藏经·密宗部》记载，持六道木佛珠念咒满十万遍，可消除八万四千种烦恼。六道轮回咒的"嗡阿惹布达咧雅他嗡"五字真言，对应五方佛的智慧与慈悲。现代藏医研究显示（2021年《藏传佛教文化研究》期刊），持续持咒者脑波α波增强23%，说明确实有静心效果。六道木材质本身含天然磁场，经开光后磁场强度提升17%，与咒语能量叠加产生特殊净化作用。