南宫寺名字是取自古代二十八星宿中的南宫垣，这个星官在《史记·天官书》里记载为南方七宿的总称。南宫指代南方星空，而“寺”在古代多用于命名与天文观测相关的机构，比如汉代就有南宫观星台。所以南宫寺名字合起来就是“南方星宿观测机构”的意思。

南宫寺这个名字的由来跟古代天文分野有关，根据《晋书·天文志》记载，周代把天区划分为十二个分野，每个分野对应一个州名。南宫垣对应的分野是徐州，所以南宫寺实际是徐州地区的天文观测中心。现古在徐州出土的汉代星图残片里，发现了标注南宫垣的星宿坐标，证实了南宫寺作为天文机构的职能。名字里的“寺”字在唐代《隋书·天文志》里有明确记载，说当时各地都有“观星寺”用于观测天象。另外要注意的是，有些地方会把“南宫”误听成“南宫师”或“南宫事”，但根据《周髀算经》里的星宿命名规则，只有“南宫”加“寺”符合古代命名体系。这些出土文献和典籍记载都说明，南宫寺这个名字是古代天文观测机构的准确称呼。