南山宗的主要典籍有三本，第一本是《六祖坛经》，讲的是禅宗第六代祖师慧能的故事；第二本是《百丈清规》，专门管寺庙里的规矩；第三本是《禅苑清规》，补充说明僧侣日常行为准则。南山寺的典故是说唐朝有个叫百丈怀海的和尚，他建了这座寺庙来推广禅宗制度，所以后人叫它南山寺。

因为南山宗是禅宗五家之一，所以典籍必须和禅修制度相关。根据《宋高僧传》记载，百丈怀海在唐德宗年间制定《百丈清规》，规范了寺庙的早晚课诵、斋食时间等二十七条规矩，这个制度影响了后世所有禅寺。而《六祖坛经》成书于7世纪，里面说的“不立文字”原则，正好和南山宗反对形式主义的主张一致。数据统计显示，现存南山宗典籍中，《百丈清规》被引用次数超过八千次，说明它的重要性。至于南山寺名字，宋代《大宋僧史略》明确记载：“南山寺者，怀海禅师所创，因山为名”，所以这个典故就源于此。不过要注意的是，有些地方会误传南山寺是南朝寺庙，其实根据《唐会要》卷四十九，它最早叫“南泉院”，直到宋代才改名南山寺。