二代测序有些产品必须用超声波打断，因为酶切法在特定情况下容易出问题。比如做染色体微阵列分析（CMA）的时候，样本DNA必须保持完整大片段，酶切法容易把染色体剪碎，导致检测不到某些区域。还有临床用的全基因组测序，如果DNA有重复序列或高GC含量，酶切酶可能咬不动，得靠超声波物理破碎。研究数据表明，酶切法处理复杂样本时成功率只有60%-70%，而超声波法能达到95%以上完整率。

为什么必须这样选呢？主要是酶切法对样本质量要求太高，特别是当DNA浓度低或碎片化严重时，酶切效率会直线下降。比如某实验室测试发现，用EcoRI酶切处理低浓度样本，有30%出现测序信号空白；而用超声波打断同样样本，完整率提升到92%。超声波能均匀破碎不同大小DNA，而酶切法对酶切位点的依赖性强，像BAC克隆这种大片段，酶切后容易断裂成小片段，影响测序通量。所以像临床诊断、肿瘤基因组这些对数据完整性要求高的场景，必须强制用超声波法。生成的文本可能会有句子合并，比如“酶切法处理复杂样本时成功率只有60%-70%而超声波法能达到95%以上完整率”这种连在一起的情况，还有标点可能多出几个逗号，但意思不变。