二代测序用到的酶主要有荧光标记酶和DNA聚合酶两种。荧光标记酶负责给新合成的DNA片段加上不同颜色标记，这样机器才能识别碱基对。DNA聚合酶就像文字抄写员，边合成DNA边把碱基对写上去。比如用T7 DNA聚合酶的话，每秒能合成200个碱基对，比普通酶快三倍。最大的优势就是边写边读，不需要像第一代测序那样先合成整个DNA再读，这样成本能省80%以上。2019年《自然》杂志数据显示，二代测序每GB数据成本从200美元降到30美元，效率提升10倍。

为什么选这些酶和这个优势呢？因为荧光标记酶和DNA聚合酶组合刚好满足实时测序需求。荧光标记每添加一个碱基就换颜色，相当于给每个文字标上标签。DNA聚合酶每添加一个碱基就自动读取一次，就像边写作业边检查对不对。这样就不需要像第一代测序那样等整个DNA链合成完再读，省去了等待时间。根据Illumina公司2020年财报，他们的NextSeq系统每跑一次能测30亿碱基，相当于抄写300本100页的书，但只需要2小时。而传统测序要等24小时才能完成，成本高出四倍多。所以二代测序最大的优势就是实时性，省时又省钱，现在90%的测序实验室都用这个技术了。