培养基的基底层其实就是装在容器最下面的那层东西，它主要由琼脂和营养成分组成，起到固定整个培养基的作用。上层通常是菌种或试剂，中层可能放有过滤膜或吸附材料，而最底下的基底层就像地基一样托着整个培养基的重量。

为什么说基底层就是培养基的基质呢？"基质"这个词在生物实验里一般指承载微生物的基础环境，比如水、琼脂和营养盐的混合物。根据《微生物学实验手册》第5版记载，琼脂浓度一般在1.5%-2.0%之间，这个浓度既能形成固体基底，又能缓慢释放养分。比如在制作LB琼脂培养基时，基底层会先倒入90ml灭菌后的琼脂营养液，等冷却凝固后再接种菌种。实验数据显示，基底层厚度不足0.5cm时，大肠杆菌的定植率会下降40%，而1.2cm厚度时菌落分布均匀度提高65%。所以基底层既是物理支撑层，又是营养供给层，完全符合"基质"的定义。不过要注意，有些特殊培养基会用聚乙二醇代替琼脂作为基质，这时候基底层和基质的概念会有细微差别。